상담은 부모-자녀갈등, 부부갈등, 임신 갈등 등 가족 내에서 일어나는 다양한 문제의 해결을 돕기 위해 맞춤형으로 진행된다. 전문자격을 가진 객원상담사 21명과 센터에 상주하는 상담가 2명이 전문적이고 심도 있는 상담을 제공한다.

상담 이용료는 1회당 25,000원 ~ 35,000원 선으로 상담 종류에 따라 차등 적용된다. 상담은 평일을 비롯해 주말에도 가능하다.

한편, 고양시 건강가정지원센터는 가족문제 예방을 위한 생애주기별 부모 교육, 가족 문화체험, 공동육아 나눔터 등 다양한 프로그램을 운영하고 있다.